同前作一样，故事继续围绕着纯和真红等一乾人偶中展开，而今作则是基本脱离原着的原创故事。
在不可抗拒的艾丽丝游戏的宿命支配下，连在漫画中都没有登场的第七人偶——「蔷薇水晶」出现了，似乎是属于某个人偶店店主「白崎」，而在白崎的店铺里，则存在着另一位神秘的人偶师，据称是一位「人偶作家」的「槐」……
在前作中被真红变成了废物的水银灯在第二季中亦华丽地复活，并在蔷薇水晶的怂恿下试图与其联手而取得其她蔷薇少女的蔷薇圣母。
而真红一方亦有新人物参上，第二人偶金丝雀已经以和在漫画中相差无几的方式而在动画中登场。
而另一方面，苍星石在目睹了父亲的伤感之后义无反顾地决定重返艾丽丝游戏而与真红、翠星石等人划清界线。
究竟小苍会不会重复漫画版悲惨的命运而在动画版里再次领便当呢？
槐和蔷薇水晶除了想收集蔷薇圣母以外，还有什么不可告人的目的呢？
神秘的人偶师「槐」，是否就是七位蔷薇少女的创造者「罗真」呢？