在21世纪初，人类因全球暖化的影响而失去了大半的陆地。此时，在世界各地突然出现了搭载着神秘超兵器、真面目不明而被人类称为“海雾舰队”的战舰群，以压倒性战斗力把人类驱逐出海洋，切断各大陆与岛屿之间的联系，令人类的文明和繁荣大幅衰退。对“海雾舰队”毫无招架之力的人类虽然失去了制海权，但并未放弃重新成为海洋的主人、在海洋上自由航行的打算，一直谋划著对“海雾舰队”反击的“大反攻”之日。 

      故事始于被称为“大海战”的人类和“海雾舰队”首次交战并惨败的17年后，原士官候补生千早群像与其同伴们搭上叛离“海雾舰队”的潜水舰“伊401”，并与“伊401”的心智模型“伊欧娜”一起接受突破“海雾舰队”的海洋封锁、运送人类反击的希望的委托。人类与海雾舰队间的战火再次展开。