《暗夜魔法使》以现代为舞台，讲述了一个自称为“暗夜魔法使”的魔法师们与异世界的魔物“侵魔”战斗的故事。200X年4月，“暗夜魔法使”与“侵魔”间的战斗逐渐激化成为了一场被称为“魔法大战”的战争。拥有能够结束这场战争的力量的人就是女主角志保艾丽丝。故事就从她作为“暗夜魔法使”觉醒并得到了“谜之宝玉”的时候拉开序幕……