故事讲述了主人公——普通的高中二年生——五河士道在四月十日，随着一场奇怪的大爆炸，一名身穿盔甲手持大剑的神秘少女出现在了他的面前。这名少女的正体是“精灵”，是会给世界带来灾难的存在，而这名少女也正遭到精灵对抗部队（通称AST）的攻击。于是，有着会去帮助有困难、悲伤的人的温柔性格的士道，主动提出要与精灵进行交涉的任务。随后，士道发现了自己拥有的特殊体质！那就是通过接吻，来吸收并封印精灵的力量，并且将精灵受到致命伤恢复再生的能力。