故事的男主人公土御门春虎出身于阴阳道的名门・土御门家的分家，是个连感应灵气的“见鬼”之才都没有的吊车尾。在春虎杯具的16年人生里，濒临死亡的次数是12次。然而对成为阴阳师什么的一点兴趣都没有、就在乡下做一个普通高中生的春虎，却在某个夏日的一天，遭受到了有史以来最大的灾难——与本家的女儿・土御门家下代当家、也是他的青梅竹马的少女土御门夏目再会了。因为这次再会而发生的某件事件为契机，为成为阴阳师的春虎就此进入了培育阴阳师的学园・阴阳塾。面对着在东京发生的细致而巨大的黑暗，这部关于年轻“暗鸦”们的学园阴×阳幻想物语就此展开了。