故事讲述在21世纪初，人类因全球暖化的影响而失去了大半的陆地。此时，在世界各地突然出现了搭载着神秘超兵器被称为“雾之舰队”的战舰群，对其毫无招架之力的人类失去了制海权，并且再也无法自由航行于大海之上。17年后，千早群像与其同伴们在不知觉中搭上了潜水舰伊401，并与伊401的心智范本伊欧娜一起向雾之舰队宣战！

剧场版第1弹《苍蓝钢铁的琶音 剧场版 ARS NOVA DC》是TV动画版的重新剪辑版再加上大约40分钟的全新情节，新角色“雾之学生会”将会登场，而第2弹则是完全原创的新作。