舞台是日本的大正时代，名叫灶门炭治郎的平凡农村少年，靠着卖炭来维持一家的生计。某天他下山去卖炭，回家时天色已暗，好心的三郎爷爷便留他住了一晚。隔天他回到家却发现家人全都遭到残杀，只剩祢豆子身体还有余温，然而她似乎变得跟平常不太一样？为了寻求拯救妹妹的方法，炭治郎踏上了斩鬼的冒险旅程。

于蝶屋敷结束休业的炭治郎等人，抵达了下一个任务之地“无限列车”。这里在短时间内，多达四十人以上行踪不明。带着祢豆子的炭治郎与善逸、伊之助等一行人，与鬼杀队最强剑士“柱”的其中一人．炎柱的炼狱杏寿郎会合。并在这前往黑暗的“无限列车”中，对付潜伏在列车上的鬼。