凤凰巫女的故事为全新的原创剧本，时空约略是在原作的「天狼岛事件」后不久，纳兹与露西以及格雷、艾露莎等人在一次同样夸张到难以收拾的盗贼团歼灭任务之后，回到工会据点，却在此时遇上了罹患失忆症的少女艾克蕾雅与其同伴一只不可思议的鸟儿蒙蒙，在得知了她们的未来可能遭遇危险之后，露西等人自告奋勇成为艾克蕾雅的护卫，但也就此卷入了一个关于拥有毁灭世界神秘力量的「凤凰石」的巨大事件之中……