新学期刚开始,高中生坂井悠二一如往常过着「日常」生活.然而有一天,他冷不防遭遇到「异常」的侵袭 - 受到一名能把人的存在化为灵火,并吸取灵火的神秘男子法利亚格尼的攻击.

悠二的「日常」生活因此整个脱节,然而就在同一时间,一名少女出现在他面前.少女为了保护悠二不被法利格尼袭击,开始与他一同生活.悠二满怀感激向少女道谢,不料少女却向他低声说道:「你已经『不存在』了.」

『灼眼的夏娜』剧场版,重构成了原作小说第一卷.描绘了『灼眼的夏娜』最初的故事