在地域纷争中作为中立的Agent[代理人]表现活跃的女战士マドラックス和在大都市中过着正常生活的女学生マーガレット,两个所在的世界和性格完全不同的少女,为了追查同一谜团开始了以被称作[圣都]的地点为目的的旅行.

然而，在两人身边隐现的阴谋之影......以及在[圣都]等待二人的事实是...