“我决定要成为樱的正义伙伴”少年已经无法将视线从真相上移开。为了拯救少女。为了贯彻自己所选择的正义。魔术师（御主）与英灵（从者），围绕着能够实现一切愿望的许愿机“圣杯”的战斗──“圣杯战争”。其战争已经开始产生歪曲。一名少女──间桐樱随着所犯下的罪，沉溺在黑暗中。为了结束“圣杯战争”，发誓守护樱的少年．卫宫士郎和远坂凛共同合作，投入到残酷的战斗中。伊莉雅丝菲尔．冯．爱因兹贝伦作为知晓斗争的真实的人，决定面对其命运。而间桐臓砚将利用樱，实现自身长久以来的悲愿。“所以──咬紧牙关吧，樱”。挑战命运的少年，其愿望，究竟是否能传递给少女。迎接终局的“圣杯战争”──。最后的战斗，终于揭开序幕。