“如果我变成了坏人，可以原谅我吗？”少年想要守护少女。如此地，想过。魔术师（御主）与英灵（从者），围绕着能够实现一切愿望的许愿机“圣杯”的战斗——“圣杯战争”发生后 10 年，冬木市再度开始了战争。上一次的“圣杯战争”参加者卫宫切嗣的养子．卫宫士郎，继承父亲的遗志，决定去战斗。

　　士郎的身边，有着仰慕他的少女——间桐樱。她每天早晚都去士郎家里做早餐晚餐，与无依无靠的士郎一同度过温和的日子。但随着“圣杯战争”的开始，流过冬木市的空气发生了变化。各地发生杀人事件，不祥的空气开始流动。士郎决定让樱留在自宅。士郎与召唤来的从者．Saber 一同，和魔术师远坂凛缔结同盟，面对“圣杯战争”。但这场战争却由于暗中活跃的人们而发生巨大的错位，开始产生歪曲。