在《Fractale》的设定中，为了管理世界而制造出来的「碎形系统」，是让人类可以不需要工作就能生存下去的装置，而也是人类史上首度进入了乐园的世代，就这样过了千年之后...

时至今日仍持续运作的系统，已经是谁也无法解析的状态，大多数的人也坚信著就是因为系统持续运作，才能够带来人类恒久不变的幸福。而故事就从碎形系统开始崩坏、某个小岛开始...

每天散漫渡日的少年「格雷」，某日救了不知被什么东西追赶而掉下悬崖的少女「芙露奈」，就在格雷为了与少女的相遇而雀跃之时，芙露奈却只留下了胸针后消失，而依照著胸针里留下的资料，格雷踏上了找寻芙露奈的旅程，同时也因此知道了关于「系统」的秘密...