5万年前，当时在地球上存在着一个东邻亚洲，西至美洲横跨整个太平洋的大陆穆，整个大陆的文明非常繁荣，并拥有先进的科技。穆大陆的科技及文化都是由一个叫ernst von barbem的神创造出来的，他是拥有一切的神，他预料到在2012年的12月23日一个大的轮回将结束，世界将毁灭并重新归于混沌。所以他创造出了rahxephon系统，当毁灭的时刻来临时，由rahxephon重新调率世界并创造新世界。 

        但是rahxephon系统的所有权并不在barbem手中，他只是喜欢看这整个过程，一切都由rahxephon系统以及人类和穆族来进行。他自己则在这几万年里不停地通过克隆技术使自己转生。1万2千年前，由于地壳变动，穆大陆沉入海中，整个文明毁于一旦，但是文明的碎片却分散到了世界各地。亚特兰蒂斯、黄河流域、尼罗河流域、安第斯山脉，他们继承了祖先的遗产，发展出各自的文明。 

        与此同时，纯正的穆大陆的居民在大陆沉海后的几万年里一直生活在异次元中，他们等待着rahxephon调率出新世界。1989年，在日本根来岛的时之祠里忽然出现了两个穆族女孩maya和quon。发现他们的是考古学家亘理士郎。亘理士郎为她们制造了假的出生证明，她们就此成为了六道家的养女。maya一直在成长，但是quon却停止了任何生命活动，进入了睡眠状态……