讲述刚入读箱庭学园的一年级少女黑神目泷，因为本身成绩优秀、运动万能、完美的外表和身材，以接近100%的支持率成为箱庭学园的新一代学生会会长。虽然黑神是作为一名完美少女而存在，但因为放心不下她而决定担任学生会杂务的人吉善吉同学，在解决不少问题学生的同时，却逐渐接触了由箱庭学园理事长不知火袴所创立的“玻璃瓶计划”——希望聚集异常者而制造出“可以成为天才”的技术，于是学生会与异常、超异常、过负荷、恶平等的存在便不断展开......