美树沙耶加与丘比签订契约，成为魔法少女中的一员。善良的沙耶加自始至终贯彻着为他人而战的信念，可是在毫无规则和人性的战斗中，她渐渐迷失自我，最终走向了灭亡。弥漫着忧愁宿命感伤氛围的雨中，沙耶加的葬礼静悄悄地举行。经历了大起大落看尽世间空虚落寞的鹿目圆独自返回家中，沉浸在对好友的思念之中。而丘比关于沙耶加之死毫无情感的陈述令她身为恼怒。她无论如何也不能理解丘比诉说的孵化者和人类共度的漫长历史。不久，小圆与最强的魔女之夜面对面。已经了知所有魔法少女命运的小圆，将要做出怎样的决断呢……